باید توجه ویژه‌ای به تغذیه مقادیر پروتئین برای گاوهای دوره انتقال بشود. هم مقدار و هم کیفیت پروتئین هر دو اهیمت دارند.

مشخص شده است که تغذیه پروتئین در طول دوره خشکی و تازه زا، عملکرد شیردهی و سلامت را تحت تاثیر قرار می‌دهد. کیفیت منابع پروتئین خام و قابلیت دسترسی کربوهیدرات‌های قابل تخمیر در جیره برای رشد میکروبی در شکمبه، نیازهای پروتئین جیره را تحت تاثیر قرار می‌دهند. عرضه پروتئین قابل متابولیسم فراهم شده از پروتئین غیر قابل تجزیه در شکمبه (RUP) و پروتئین میکروبی می‌تواند بوسیله مدل‌های جیره نویسی از قبیل CNCPS تخمین زده شود.

پیشنهادات پروتئین برای گاوهای خشک بالغ معمولا بین ۱۲ تا ۱۵ درصد پروتئین خام یا تقریبا ۱۰۰۰ تا ۱۳۰۰ گرم پروتئین قابل متابولیسم در روز است. زمانی که راهبرد مدیریتی دو گروه گاو خشک استفاده می‌شود گاوهای Far-off معمولا با پروتئین کم تر از گاوهای Close-up تغذیه می‌شوند. مشاهدات مزرعه‌ای پیشنهاد می‌کنند که فراهم کردن پروتئین قابل متابولیسم (MP) بیشتر در طول دوره خشکی سودمند است. این امر احتمالا به خاطر موارد زیر است:

MP مورد نیاز کمتر از حد تخمین زده شده در مدل‌های جیره‌نویسی، فراهم کردن اسید آمینه محدود کننده، فراهم کردن اسید آمینه برای عملکرد سیستم ایمنی تحت شرایط جایگاه با استرس بالاتر، یا محاسبه واریانس مصرف خوراک در بهاربند گاوها.

غلظت ۸۸ تا ۱۰۰ گرم MP به ازای هر کیلو ماده خشک مصرفی اخیرا بوسیله ون سان و اسنیفن در سمینار گاو شیری کانادا پیشنهاد شد تا اطمینان بدهد که نسبت بیشتری از گاوهای پابه زا که گروهی تغذیه می‌شوند، مقدار MP کافی (بیشتر یا مساوی ۱۱۰۰ گرم در روز) دریافت می‌کنند. جیره‌های گاو خشک که از لحاظ کربوهیدرات‌های قابل تخمیر بویژه نشاسته پایین هستند، مانند انرژی کنترل شده، جیره حاوی علوفه بالا، ممکن است نیاز باشند تا با اجزای خوراک  RUP برای تامین کردن مقدار مناسب MP با پروفایل اسید آمینه مناسب تکمیل شوند.

گاوهای تازه زا باید جیره های فرموله شده برای تامین کردن مقادیر کافی کربوهیدرات‌های قابل تخمیر و پروتئین قابل تجزیه در شکمبه تغذیه شوند تا رشد میکروبی به عنوان یک منبع پروتئینی را افزایش دهند. بعلاوه، جیره باید منابع RUP با کیفیت بالا را فراهم کند و شامل اسید آمینه محافظت شده از شکمبه در حد نیاز باشد تا پروفایل اسید آمینه را بهبود دهد. حتی با بهترین جیره فرموله شده، گاوهای تازه‌زا هنوز بالانس منفی MP را برای ۱ تا ۲ ماه بعد از زایمان تجربه خواهند نمود. در پاسخ به بالانس منفی MP، گاوهای تازه‌زا ماهیچه و دیگر منابع پروتئین در بدن را برای حمایت از شیردهی به عنوان سهم اسید آمینه و انرژی تجزیه خواهند کرد. راه جلوگیری و کنترل شدت و مدت بالانس منفی MP، افزایش سریع ماده خشک مصرفی در طول دوره تازه‌زا است.

در کل، بالانس اسید آمینه و وارد کردن اسید آمینه محافظت شده درهنگام نیاز، برای گاوهای دوره انتقال توجیه‌پذیر است. لیزین و متیونین معمولا اسیدهای آمینه محدودکننده MP در طول شیردهی هستند و همچنین فرض می‌شود که در طول دوره انتقال محدودکننده باشند.

تعداد کمی مطالعه وجود دارند که خورانیدن متیونین و لایزین محافظت شده به تنهایی و یا هر دو را در طول دوره انتقال ارزیابی نموده‌اند. این مطالعات  پیشنهاد می‌دهند که متوازن کردن اسید آمینه قبل از زایمان و  به دنبال آن شیردهی می تواند تولید شیر، ترکیبات شیر، یا هر دو را افزایش دهد اگر چه پاسخ‌ها همیشه در بین مطالعات ثابت نبودند. به نظر می‌رسد که پاسخ‌ها وابسته به پروتئین خام جیره، عرضه MP، و قابلیت هضم روده‌ای مکمل‌های RUP هستند.

پیشنهاد می‌شود که تقریبا ۷۵ گرم لایزین در روز و ۲۵ گرم متیونین پاسخ پروتئین شیر را حداکثر سازد. هرچند، کاربردهای بسیاری برای اسید آمینه ارائه شد، اما واضح نیست که آیا پیشنهادات اخیر برای لایزین و متیونین عملکرد ایمنی را بهبود می‌دهند، هر چند نشان داده شده است که استفاده از متیونین محافظت شده عملکرد سیستم ایمنی را بهبود می‌بخشد.