مدفوع نشان‌دهنده وضعیت و عملکرد شکمبه و روده می‌باشد. گاوهای سالم مدفوع توده‌ای دارند.
مصرف RDP بیش از اندازه سبب شل شدن مدفوع در همه گروه‌ها می‌گردد. پس در هنگام استفاده از پروتئین محلول بالا باید جیره را بالانس کرد تا از افت تولید جلوگیری کرد.
گاوهایی که درگیر اسیدوز هستند مدفوع یکنواخت ندارند بخشی از مدفوع‌ها در بهاربند شل، برخی سفت و برخی معمولی هستند.
گاوهایی که درگیر اسیدوز هستند دارای مدفوع براق (حاوی موکوس)، دارای حباب، شل، و محتوی قطعات علوفه و غلات هستند.
عدم فعالیت مناسب میکروب‌های شکمبه، نبود مقدار مناسب پروتئین قابل تجزیه و عدم همزمانی پروتئین و انرژی برای میکروب‌های شکمبه، سرعت عبور بالا در شکمبه در نتیجه نبود مت مناسب شکمبه سبب افزایش بروز اسیدوز می‌گردد.
باز هم تکرار میشود که مدفوع شل میتواند در نتیجه مصرف بالای RDP در جیره باشد (نمونه بارز این امر با مصرف یونجه تازه و سیلو تازه قابل مشاهده است).
اگر در وضعیتی هستید که با مدفوع نامناسب تولید خوبی دارید می‌توانید با مدیریت مدفوع وضعیت بهتری داشته باشید. چه بسا با کاهش مصرف خوراک همان مقدار شیر را تولید کنید که در نتیجه بازده خوراک بهبود می‌یابد.
مدفوع گاوهای پر تولید باید به صورت خمیر اصلاح باشد و از لحاظ قوام مانند فرنی باشد که دارای ۳-۶ حلقه و ارتفاع حدود ۴ سانتی‌متر باشد. که وسط آن حفره‌ای است. و قطعات خوراک بزرگتر از ۰.۶۴ سانتی‌متر در آن نباشد.
مدفوع گاوهای اسیدوزی شل، براق، دارای حباب، و قطعات فیبر و غلات است.
مهمترین شاخص در بهاربند اسیدوزی یکنواخت نبودن شکل مدفوع است که این امر نکته کلیدی تشخیص بروز اسیدوز در بهاربند و یا مصرف پروتئین محلول بالاست.
برای مثال گاوی دوشنبه وضعیت خوراک و مدفوع مطلوبی دارد.
سه شنبه درگیر اسیدوز میشود.
چهارشنبه تا جمعه مدفوع شل دارد .
به طور غریزی به علت مصرف فیبر بالا روز شنبه مدفوع سفت دارد.
در نتیجه عبور ذرات خوراک از تخمیر شکمبه و تخمیر در روده بزرگ و درنتیجه تولید گاز در روده بزرگ در مدفوع حباب وجود دارد.
وقتی اسیدوز رخ می‌دهد بخشی از اسید لاکتیک از شکمبه فرار می‌کند و به روده می‌رسد و در نتیجه تخمیر در انتهای دستگاه گوارش نیز اسید تولید میشود که برای خنثی کردن این اسیدها روده آب جذب می‌کند که در نتیجه مدفوع شل میشود.
به علت تخمیر و تولید اسید در روده بزرگ بافت روده آسیب می‌بیند برای محافظت از اسید تولید شده روده موکوس ترشح می‌کند که این موکوس با مدفوع دفع و سبب براق شدن مدفوع میشود.
میتواند به علت عدم توانایی میکروب‌ها برای هضم در شکمبه باشد. که این امر در نتیجه عدم همزمانی پروتئین قابل تجزیه و کربوهیدرات باشد. سرعت بالای عبور از شکمبه نیز در این امر تاثیرگذار است. توجه به تامین نشاسته با توجه به سرعت تخمیر مناسب و انتخاب توری مناسب در آسیاب بسیار دارای اهمیت است. نسبت جو و ذرت نیز در کاهش وجود غلات قابل مشاهده و یا نشاسته در مدفوع تاثیر گذار است.