علیرغم اهداف تغذیه جیره TMR در تأمین مخلوطی یکنواخت از مواد خوراکی طبق یک فرمول موازنه شده، ثابت شده است که گاوهای شیری ترجیحاً اجزای خاصی از TMR را انتخاب و جداسازی میکنند و اجزای دیگر را مصرف نمیکنند در نتیجه جیرهای متفاوت از جیره نوشته شده و حتی در آخور ریخته شده را مصرف خواهند کرد.

گاوها معمولاً از اجزای علوفهای TMR بلند ، امتناع میورزند و اجزای دانهای کوچکتر را انتخاب میکنند. جداسازی اجزای TMR توسط گاوهای شیری منجر به مصرف فیبر مؤثر کمتر و کربوهیدرات قابل تخمیر بیشتر میشود در نتیجه احتمال افت pH شکمبه افزایش مییابد. در توافق با این تحقیق در دو تحقیق دیگر گزارش شده است که جداسازی TMR با درصد چربی پایینتر شیر همراه است.

چربی شیر به ازای هر ۱۰ درصد کاهش مصرف ذرات بلند علوفه، در جیره 15‌درصد کاهش می‌یابد. این نتایج نشان می‌دهند که جداسازی ذرات خوراک، بهینه سازی تولید پروتئین میکروبی در شکمبه را نیز مختل می‌کند. عدم توازن در مواد مغذی مصرفی، به عنوان یک نتیجه از جداسازی، خوراک همچنین می‌تواند روی بازده هضم و تولید تأثیر بگذارد. در حمایت از این موضوع، Sova و همکارانش نیز ثابت کردند که بازده تولید شیر به ازاء هر ۱ درصد افزایش در مصرف ذرات ریز جیره (ناشی از جداسازی)، ۳ درصد کاهش می یابد Coon و همکارانش اخیراً نشان دادند که جداسازی ذرات بلند جیره، با نوسان بیشتر در pH رتیکولوم و شکمبه میزان نشخوار و میزان ماده خشک مصرفی در طی ۴ هفته اول شیردهی و کاهش تولید شیر تجمعی در آن دوره زمانی همراه است.

جداسازی یک TMR همچنین می‌تواند کیفیت پس مانده‌های آخور را کاهش دهد، به ویژه در ساعات بعد از تحویل خوراک و زمانی که گاوها وقت زیادی برای جداسازی اجزای دلخواه خود داشته‌اند. این موضوع ممکن است برای آن دسته از گاوهایی که در زمان تحویل خوراک تازه به آخور دسترسی پیدا نمی‌کنند ضرر داشته باشد چون آنها قادر به دریافت مقدار کافی مواد مغذی برای حفظ سطح بالای تولید و رشد نیستند.

Sova و همکارانش در تحقیقی نشان دادند که به ازاء هر ۲ درصد افزایش در جداسازی بر علیه ذرات بلند  TMR / 0.9کیلوگرم در روز شیر تصحیح شده بر اساس ۴ درصد چربی، کاهش می یابد. به طور خلاصه شواهد تجربی زیادی نشان می دهند که نقش الگوی رفتار خوراک خوردن گاوهای شیری در اطمینان از هضم خوب شکمبه، سلامت شکمبه و بازده تولید فراتر از تنظیم جیره مناسب است ثابت شده است که درک این موضوع تمرکز روی بهبود محیطی که در آن خوراک تهیه می‌شود، چگونگی مدیریت خوراک دهی و الگوهای رفتاری خوراک خوردن را افزایش می‌دهد.