تهویه طبیعی متداولترین سیستم تهویه در گاوداریهای متوسط و کوچک است که به ۲ عامل اصلی متکی است:
۱- شناوری حرارتی ایجاد شده توسط هوای گرم اطراف گاو، باعث بالا رفتن هوای گرم و خارج شدن آن از طریق شکاف سقفی می شود (اثردودکش، هوای گرم چگالی کمتری داشته و تمایل به بالا رفتن دارد در حالی که هوای سردتر پایین می آید). این حرکت یک الگوی جریان طبیعی هوا را ایجاد میکند که عمدتاً توسط دما هدایت میشود. در هوای سرد، اثر دودکش عامل اصلی تهویه است.
۲- فشار نیروی باد وارد شده به دریچهها سبب ایجاد وزش و عبور هوا به داخل جایگاه شده و نیروی بالا برندهای را در داخل ساختمان ایجاد میکند و در دمای گرمتر، پردههای جانبی جایگاه، سبب ورود نیروی طبیعی باد به داخل سالن میشوند. اگر چه اثر دودکش در طول تابستان نیز تهویه را انجام میدهد ولی دریچههای بزرگ عاملان اصلی تهویه در تابستان هستند به همین دلیل سالنهای دارای تهویه طبیعی بایستی در جهت عمود بر بادهای تابستانی رایج ساخته شوند در فصل زمستان، از آنجایی که هوا معمولاً از دیوارهای جانبی وارد و از شکافهای سقفی رأسی خارج میشود، در صورتی که بادهای غالب زمستان به شکافهای لبه برخورد کنند فوایدی از لحاظ بهره بردن از تهویه طبیعی خواهند داشت.
ویژگیهای اصلی سالنهای دارای تهویه طبیعی عبارتند از:
1- سقفهای شیروانی آنها دارای شکافهای رأسی در سقف و شکافهای جانبی لبهای حاصل از فاصله بین لبه پیش آمده سقف شیروانی و دیوار (جانبی) هستند.
2- سقف داخلی، دارای شیب مناسب است.
3- موانع وزش باد در اطراف آنها وجود ندارد.
4- جهت سالن شرقی - غربی است. برای به حداکثر رساندن تهویه ،طبیعی داشتن سقف عایق با شیب ۳:۱۲ یا ۴:۱۲ و تعبیه شکاف سقفی ۵ سانتی متر به ازاء هر ۳ متر عرض سالن (حداقل ۱۵ سانتی متر شکاف) ضروری است.
کل طول شکافهای لبهای روی هر دیوار جانبی باید نصف شکافهای رأسي سقفی باشند تا اطمینان حاصل شود که کل شکافهای دو دیوار جانبی به اندازه شکاف سقفی، در هوای سرد عمل میکنند. دیوارهای جانبی جایگاه معمولاً دارای ارتفاع ۴ تا ۵ متر بوده و پردههایی دارند که در تابستان کاملاً باز میشوند تا بتوانند در حد امکان باد غالب را به داخل جایگاه بیاورند. شکافهای دیوارهای جانبی یا هنگام ساخت جایگاه تعبیه میشوند و یا با استفاده از یک پرده دو تکه شکاف ایجاد میگردد. تهویه و خنکسازی در ساختمانهای دارای تهویه طبیعی با وجود تنوع گسترده جایگاهها، به چالش بزرگی تبدیل شده است. نقاط کور وزش باد (سایهباد) به محلهایی گفته میشود که جریان رو به جلوی هوا به دلیل برخورد با یک مانع مانند ساختمان مجاور متوقف میشود. در جایگاههای بزرگ، با تهویه طبیعی و با طراحی H شکل، جایگاه مجاور یکی از رایج ترین سایههای باد است.
در عمل بیشتر جایگاههای با تهویه طبیعی در فاصله ۳۰ متری از هم ساخته میشوند تا از ایجاد نقاط کور وزش باد جلوگیری شود. اگر چه فواصل پائین تر از ۳۰ متر نیز به دلیل عواملی مثل محدودیت در فضای جایگاه و یا مشکلات ناشی از ایجاد فاصله زیاد بین گاوها، کارگران و محل دپوی کود بین جایگاه ها مشاهده میشوند.